Zoran Đinđić je rođen je 1. avgusta 1952. u Bosanskom Šamcu, gdje mu se otac (časnik JNA) zatekao na službi. Školovao se uglavnom po mjestima gdje mu je otac službovao, a gimnaziju je završio 1970. godine u Beogradu. 1974. godine diplomirao je filozofiju na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Beogradu. 

Doktorirao je 1979. godine na Sveučilištu u Konstanzu u Njemačkoj i to s tezom: "Problemi utemeljenja kritičke teorije društva". Mentor mu je bio Jürgen Habermas, jedan od najuglednijih svjetskih filozofa.  Još kao student sudjelovao je u opozicijskim aktivnostima, pa je tako zbog pokušaja organiziranja autonomne studentske organizacije, zajedno sa zagrebačkim i ljubljanskim studentskim vođama, osuđen na godinu dana zatvora. 

Tokom 1980-ih, bio je profesor na Filozofskom fakultetu u Novom Sadu i viši znanstevni saradnik u Centru za filozofiju i društvenu teoriju u Beogradu. Jedan je od osnivača Demokratske stranke 1989. godine. Na Skupštini održanoj u februaru 1990. godine, izabran je za predsjednika Izvršnog odbora Demokratske stranke. Decembra iste godine izabran je za jednog od zastupnika Demokratske stranke u Skupštini Srbije.

Za predsjednika Demokratske stranke izabran je 1994. godine. Nakon toga, još tri puta je potvrđen na mjestu šefa stranke.

Od novembra 1996. do februara 1997. godine, bio je jedan od vođa opozicione koalicije "Zajedno", koja je na lokalnim izborima u Srbiji odnijela pobjedu, ali to Miloševićev režim nije priznao. Poslije 88 dana građanskih i studentskih protesta, Milošević je priznao pobjedu opoziciji. Đinđić je 21. februara 1997. izabran za gradonačelnika Beograda. S te dužnosti je smijenjen 30. septembra iste godine.

U sudskom sporu s tadašnjim predsjednikom Vlade Republike Srbije Mirkom Marjanovićem osuđen je 20. septembra 1996. na četiri mjeseca zatvora, uslovno na dvije godine. Vrhovni sud Srbije preimenovao je presudu 9. jula 1998. godine i izrekao novu u kojoj je osuđen na sedam mjeseci zatvora, odnosno na tri godine uvjetnoga odsluženja kazne.

U septembru 1999. američki sedmičnik "Times" uvrstio je Đinđića u prestižnu listu četrnaest vodećih europskih političara trećeg tisućljeća.

Juna 2000. godine, Đinđić preuzima funkciju koordinatora Saveza za promene (SZP), a u kolovozu iste godine postaje menadžer promotivne kampanje Demokratske opozicije Srbije za izbore koji su bili održani 24. septembra iste godine, na kojima je DOS i pobijedio. Đinđić je najzaslužniji za događaje koji su 5. oktobra doveli do pada režima Slobodana Miloševića, koji je odbijao priznati izborni poraz. Na tim izborima Đinđić je izabran za poslanika u Vijeću republika Skupštine SRJ.

Na parlamentarnim izborima održanim u decembru 2000. godine, DOS osvaja 176 zastupničkih mjesta. Đinđić je za premijera Srbije izabran 25. januara 2001. godine.

Ubijen je u atentatu 12. marta 2003. godine ispred zgrade Vlade Srbije. Pokopan je 15. marta u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu, a pogrebu je nazočilo više stotina hiljada građana.

Mnogi su Đinđića smatrali začetnikom moderne i evropske Srbije. Za sobom je ostavio suprugu Ružicu, sina Luku i kćer Jovanu.