Nermin Ogrešević i Semir Efendić kao jedan od razloga napuštanja koalicije na državnom nivou naveli su odbijanje zahtjeva od Milorada dodika da država BiH potpiše ugovor sa Islamskom zajednicom u Bosni i Hercegovini. Na taj način ponovo je aktualizirano pitanje ovog ugovora koji 13 godina čeka na potpisivanje.
Inicijativa je uslijedila nakon što je Katolička crkva, odnosno Sveta Stolica potpisala Temeljni ugovor 2006. godine. Iduće godine Osnovni ugovor s državom potpisala je Srpska pravoslavna crkva (SPC).
Nakon što je potreba za potpisivanjem ugovora inicirana 2009., Vijeće ministara BiH i Islamska zajednica zajedno su radili na pripremi prijedloga ugovora koji je usvojen 2015. godine. Ipak, 2018. godine Predsjedništvo je odbilo da ga prihvati. Tadašnji član Predsjedništva Bakir Izetbegović je predlagao da pitanje bude na dnevnom redu, ali tome su se usprotivila druga dva člana Dragan Čović i Mladen Ivanić.
Iz IZ kažu da je taj prijedlog pratio prethodna dva sporazuma vjerskih zajednica s BiH i razlikovao se samo tamo gdje je to bilo potrebno kako bi se zadovoljile konkretne specifičnosti koje razlikuju islam od druge dvije religije. Iz Islamske zajednice kažu da su, bez obzira na činjenicu da je sjedište u Sarajevu, željeli imati ravnopravan status kao i druge vjerske zajednice, što podrazumijeva potpise Predsjedništva BiH.
Najkontroverzniji dio sporazuma tiče se zahtjeva za poštovanjem prava na džumu te vjeronauke u školama. Milorad Dodik je svojevremeno izjavljivao da bi pravom odlaska na džumu muslimana bila omogućena veća prava nego pripadnicima ostalih vjerskih zajednica u BiH.
- Nisam protiv da se urade odnosi između BiH i Islamske zajednice, ali je neprihvatljivo da se mijenja procedura usvajanja takvog ugovora. Njihovo obrazloženje (Komšić i Džaferović op. a.) je neprihvatljivo. Oni su, izgleda, nakon 15 godina otkrili da je Islamska zajednica domicilna, a da su Srpska pravoslavna crkva i Vatikan strani subjekti. Oni hoće da kažu da su Srbi i Hrvati, pravoslavci i katolici ovdje stranci, da je jedini domicilan faktor ovdje islam. I oni su tražili da to usvoji Predsjedništvo, a ne Parlamentarna skupština BiH. To je neprihvatljivo - ocijenio je svojevremeno Dodik.
Također, osjetljiviji su dijelovi sporazuma koji se odnose na pitanje vjerskog odgoja djece i nadležnosti pravosudnih i sigurnosnih institucija države u prostorijama Islamske zajednice.
U tekstu prijedloga stoji da će se islamska vjeronauka odvijati i u predškolskim ustanovama kao obavezan školski predmet u skladu s voljom roditelja ili staratelja.
- BiH, u svjetlu načela o slobodi vjere, priznaje osnovno pravo roditelja na vjerski odgoj djece, te u sklopu školskog plana i programa, u skladu s voljom roditelja ili staratelja, jamči nastavu islamske vjeronauke u svim javnim osnovnim i srednjim školama i predškolskim ustavama, kao obaveznog školskog predmeta za sve koji ga izaberu, pod istim uvjetima kao za sve druge obavezne predmete - navodi se.
Sporazumom Bosna i Hercegovina garantuje nepovredivost prostorija Islamske zajednice, a posebno mjesta za obavljanje vjerske službe: džamija, mesdžida, mekteba, tekija, musalla, harema, mezarja i popratnih prostora. Dodatno, traži se odobrenje od Islamske zajednice u slučaju da nadležne državne institucije provode sigurnosne mjere u tim mjestima, ali uz nužno odobrenje Islamske zajednice u BiH.
- Nadležna tijela BiH ne mogu poduzeti sigurnosne mjere u tim mjestima bez prethodnog pismenog odobrenja nadležnog organa Islamske zajednice, osim ako je to hitno zbog zaštite života i zdravlja ili zbog spašavanja dobara posebne historijske i umjetničke vrijednosti. Poduzimanje sigurnosih mjera ograničeno je prostorno i vremenski na minimum nužan za zaštitu života ili zdravlja, odnosno spašavanje materijalnog dobra posebne vrijednosti - navodi se u prijedlogu ugovora.
Također, službenicima Islamske zajednice osigurava se poseban status i u slučaju krivične istrage, tj. nadležni organi IZ-a o tome prethodno moraju biti obaviješteni.
- U slučaju sudske istrage protiv službenika Islamske zajednice, zbog eventualnih krivičnih djela sporazumom je određeno da će sudske vlasti države o tome prethodno obavijestiti nadležne organe Islamske zajednice.
Pregovori Svete Stolice i BiH trajali su četiri godine dok nije potpisan Temeljni ugovor 2006. godine.
Ugovorom su regulirana pitanja o samostalnosti Crkve, ali i praktična pitanja u vezi s obavljanjem vjerskih dužnosti, praznicima, pravima na neradne dane.
Regulirano je i pitanje prava na tajnost ispovijedi, zatim način biranja biskupa, ali i imovine Crkve.
Ugovor regulira i pitanje vjeronauka i izbora vjeroučitelja.
Ugovor sa SPC-om u dobroj mjeri je sličan prethodnom. Propisano je i pravo na neradni dan zbog krsne slave.
Pravna razlika koja je pominjanja u toku ratificiranja ugovora jeste činjenica da SPC nije po strukturi država poput Vatikana.
Ugovore s državama već imaju dva organizaciona dijela Islamske zajednice u BiH - Islamska zajednica u Hrvatskoj i Islamska zajednica u Sloveniji.
Kad je riječ o Jevrejskoj zajednici u BiH, ne postoji ugovor s državom, niti je to ova zajednica dosad zatražila.