Djeca koja imaju znake akutne bolesti, naročito organa za disanje, ne smiju biti vakcinisana. Postoji precizna lista dugotrajnih (hroničnih) bolesti koje narušavaju sposobnost djeteta da ostvari adekvatnu imunološku reakciju, pa obične vakcine mogu biti vrlo opasne za ove male pacijente.
Pedijatri znaju koja su to oboljenja, ali treba naglasiti da se većina njih može izliječiti, pa se, po oporavku djeteta, vakcinacija može obaviti.
Postoje situacije kada je dijete alergično na neku komponentu vakcine, iako na prvi pogled alergija nije u vezi s vakcinom. Tako, djeca i odrasli alergični na jaja ne smiju dobiti standardnu vakcinu protiv gripe, jer se ona "uzgaja" na embrionu pileta (koji je zakačen za žumance).
